Adaś Niezgódka - główny bohater powieści, dwunastoletni, rudy i niezwykle sympatyczny chłopiec. Za namową rodziców (chcą, żeby syn „nauczył się rozumu”) rozpoczyna we wrześniu naukę w Akademii Pana Kleksa. Adaś cieszy się szczególnymi względami pedagoga ze względu na dużą ilość piegów. Chłopiec przeżywa rozmaite przygody. W finale utworu z żalem opuszcza szkołę.
Mateusz - tajemniczy szpak, wierny towarzysz Pana Kleksa posiadający dar mowy. Adaś poznaje jego historię przypadkiem. Mateusz wyznaje, że był niegdyś księciem, który przypadkiem zabił króla wilków (to ściągnęło na kraj zemstę zwierząt). Książę został uratowany przez doktora Paj-Chi-Wo, zamieniony w ptaka i zmuszony do ucieczki. W finale powieści czytelnik dowiaduje się, że Mateusz jest autorem opowieści.
Kliknij mnie:
Filip Golarz - fryzjer zajmujący się strzyżeniem Pana Kleksa i jego uczniów. Jest uprzedzony wobec Pana Kleksa, nienawidzi także jego uczniów. Konstruuje mechaniczną lalkę, którą wysyła do Akademii. Alojzy – zgodnie z przewidywaniem niszczy szkołę.
Alojzy - brat Anatola, „syn” Filipa Golarza, uczęszczający do Akademii Kleksa. Alojzy to lalka skonstruowana przez Golarza. W finale powieści chłopiec dokonuje zniszczenia szkoły.
Anatol - syn Filipa Golarza, „brat” Alojzego. Uczęszcza do Akademii Pana Kleksa.