Protisty jako pierwsze wykształciły przemiany pokoleń i faz jądrowych. Przypuszcza się, że przyczyną powstania rozmnażania płciowego i skomplikowania cyklu rozwojowego o formy diploidalne, były niesprzyjające warunki środowiska, w których pierwotne komórki haploidalne łączyły się w pary (w procesie gamii), aby zmniejszyć swoją liczebność i zwiększyć szansę na przetrwanie. Poprawa warunków środowiska indukowała ponowny podział komórek na drodze mejozy i powstanie haploidalnych komórek potomnych. Tak wykształcił się podstawowy model przemiany pokoleń, gdzie wystęujące na przemian gamia i mejoza prowadzą do powstania odpowiednio pokolenia diploidalnego i haploidalnego. Obecnie wyróżnia się dwa podstawowe modele przemiany pokoleń u protistów — cykl z mejozą postgamiczną oraz cykl z mejozą pregamiczną.
Cykl rozwojowy z mejozą postgamiczną występuje u bardziej pierwotnych form protistów i charakteryzuje się przewagą pokolenia haploidalnego nad diploidalnym. Komórki z pojedynczym materiałem genetycznym (1n) są zdolne do samodzielnego życia i rozmnażania bezpłciowego. Co pewien czas dochodzi między nimi do gamii, w wyniku której powstaje krótkotrwała zygota (2n). Zygota dzieli się mejotycznie na cztery potomne komórki haploidalne.
Cykl rozwojowy z mejozą pregamiczną występuje u gatunków, których formą długotrwałą jest pokolenie diploidalne. W tym przypadku podział mejotyczny prowadzi do powstania haploidalnych gamet. Krótko po tym następuje ich gamia, a powstała zygota przekształca się w dojrzały organizm.
U wielokomórkowych protisów wyróżnia się również przemiany izomorficzne, gdy pokolenia haplo- i diploidalne nie różnią się między sobą pokrojem (przykładem jest ulwa sałatowa) i heteromorficzne w przypadku widocznych różnic w morfologii pokoleń (np. u katlerii).