Dzieło Marka Twaina rozpoczyna się sceną, w której ciotka Polly szukała Tomka w pokoju. Gdy w końcu udało jej się go znaleźć, zauważyła, iż młodzieniec wyjadł konfitury. Kiedy chciała wymierzyć mu karę, krzyknął, by spojrzała za siebie i zwiał. Starsza pani zaczęła śmiać się sama z siebie – wciąż zapominała o sprycie młodzieńca.
Tego dnia Tomek nie poszedł do szkoły. Wagarował, spędzając cały dzień na zabawie i przyjemnościach. Ciotka spodziewała się, że tak zrobi, ale miała do niego olbrzymią słabość. Kiedy kobieta zapytała go o kąpiel, odparł, że tylko moczył głowę przy studni. Postanowiła jeszcze sprawdzić jego kołnierz, który, o dziwo, był na swoim miejscu. Gdy wszystko wydawało się w jak najlepszym porządku, Sidney – przyrodni brat głównego bohatera – przypomniał kobiecie, że wcześniej kołnierz przyszyty był czarnymi nićmi, a teraz jest białymi. Tomkowi udało się jednak w porę uciec.
Podczas przechadzki spotkał nieznajomego młodzieńca, który ubrany był bardzo odświętnie. Od słowa do słowa („Chcesz dostać w ucho?”) doszło między nimi do bójki, którą wygrał Tomek, przeganiając rywala pod sam dom. Kiedy główny bohater wrócił do domu i wślizgnął się przez okno, ciotka zobaczyła jego poniszczone ubranie. Młodzieńca czekała surowa kara.
Kolejnego dnia, a była to sobota, Tomek musiał pomalować parkan. Przykrość sprawiało mu myślenie o wszystkich przyjemnościach, jakie go przez to ominą, ale musiał wykonać zadanie powierzone mu przez ciotkę. Chciał obowiązek zrzucić na Jima (czarnoskórego chłopca), lecz ten miał wyraźne wytyczne od ciotki Polly, by nie słuchać Tomka. Zbawieniem okazał się Ben Rogers. Tomek zaczął udawać przed nim, że malowanie parkanu to odpowiedzialne i niezwykle fascynujące zajęcie. Wtedy chłopak poprosił go, by pozwolił mu przez chwilę popracować. Bohater zgodził się – niby – niechętnie. Pod parkanem nieustannie pojawiali się kolejni znajomi, którzy przychodzili śmiać się z Tomka, ale chłopak tak prowadził rozmowy z nimi, że w końcu wykonywali za niego pracę, dodatkowo dając mu za tę możliwość niewielkie przedmioty. Do wieczora zadanie było wykonane, a Sawyer zyskał kilka naprawdę interesujących rzeczy.
Kiedy młodzieniec zameldował ciotce wykonanie pracy, ta, będąc zadowolona ze sposobu, w jaki to zrobił, zaprowadziła go do spiżarni i wręczyła jabłko. Opowiadała mu o zdobywaniu rzeczy w uczciwy sposób. Młodzieniec wysłuchał jej, ukradł pączka i ruszył się bawić.
Następnym punktem był rynek, gdzie odbywało się starcie dwóch rywalizujących ze sobą grup chłopców. Dowódcami byli Tomek i Joe Harper (najlepszy przyjaciel Tomka). Po zaciętym starciu zwyciężyła banda Tomka, a on sam z dumą udał się do domu. W drodze przystanął jeszcze pod domem Jeffa Thatchera, w którego ogrodzie zobaczył piękną nieznajomą dziewczynę. Udając, że jej nie widzi, zaczął się popisywać. Jasnowłosa bohaterka szybko skierowała się w stronę domu,, ale zanim zniknęła, rzuciła jeszcze w stronę Tomka bratkiem. Młodzieniec schował go do kieszeni i powędrował w stronę domu. W czasie kolacji próbował ukraść cukier, ale został przyłapany. Następnie, kiedy ciotka zmywała, po cukierniczkę sięgnął Sidney, któremu wyślizgnęła się ona z rąk i się rozbiła. Ciotka wymierzyła sprawiedliwość Tomkowi, lecz gdy okazało się, że to nie on był winny, wyszła z pokoju.
Tomek poczuł się bardzo skrzywdzony, a jego samopoczucie jeszcze się pogorszyło, kiedy zobaczył, że bratek od pięknej dziewczyny również ucierpiał.
Następnego dnia główny bohater, dokładnie umyty i odświętnie ubrany, udał się do szkółki niedzielnej. Byli tam także goście specjalni, m.in. adwokat Thatcher, a wraz z nim „dziewczynka od kwiatka”. Tomek chciał zrobić wszystko, by się jej przypodobać, toteż wykorzystał zdobyte przez siebie karteczki (nagrody za pilność i dobre odpowiedzi). Nikt nie wiedział jednak, że pochodziły one z wymiany (Tomek oddawał za nie niepotrzebne mu rzeczy, m.in. te, które zdobył, pozwalając malować innym parkan). Gdy przyszedł czas wybrania zwycięzcy, okazało się, że jest nim Tomek. Odebrał swój egzemplarz Biblii, a zapytany przez sędziego (brata Thatchera) o imiona pierwszych apostołów, odrzekł: Dawid i Goliat.
W dalszej części dnia odbywało się nabożeństwo. Główny bohater postanowił je sobie nieco urozmaicić, wypuszczając trzymanego w pudełku po kapiszonach chrząszcza. Wkrótce do świątyni wszedł pudel, który zaczął gonić owada. Psu zdarzyło się nawet na nim usiąść, po czym zapiszczał z bólu. Ludzie nie mogli powstrzymać śmiechu, a pastor miał trudności z dokończeniem kazania.
Poniedziałkowy poranek oznaczał konieczność pójścia do szkoły. Sawyer przez chwilę symulował śmiertelną chorobę, lecz na nic się to zdało – musiał wyjść z domu. Miał jednak szczęście – po drodze spotkał Huckleberry’ego Finna, który niósł nieżyjącego kota. Finn był synem miejscowego pijaka i wiódł życie włóczęgi, robiąc to, co chciał i na co miał ochotę. Okazało się, że nocą zabierze zwierzę na cmentarz, by za jego pomocą pozbyć się brodawek. Trzeba było tylko pojawić się tam około północy i czekać, aż ukaże się diabeł. Wtedy należało rzucić kota i wypowiedzieć specjalne zaklęcie. Tomek chciał, oczywiście, pójść razem z Finnem.
Główny bohater spóźnił się do szkoły – za karę musiał usiąść obok jasnowłosej dziewczynki. Szybko ją rozpoznał i nawiązał z nią znajomość. Wkrótce byli już „zaręczeni”, ale Tomek nierozsądnie opowiedział jej o tym, że wcześniej był zaręczony z Amy Lawrence. Becky zaczęła płakać, a zdenerwowany młodzieniec opuścił szkołę i postanowił zostać piratem, aby zdobyć wielką sławę.
Wkrótce nadszedł czas wyprawy z Finnem. Bohaterowie udali się na cmentarz i czekali w spokoju na pojawienie się diabła. Nagle zaczęły dochodzić ich przytłumione ogłosy. Finn rozpoznał jedną z postaci – Muffa Pottera. Pozostałymi byli doktor Robinson i Indianin Joe. Mężczyźni najwyraźniej czegoś szukali – rozkopali jeden z grobów, wydobyli trumnę, wyciągnęli ciało i położyli je na noszach, zakrywając płachtą. Zaraz doszło do szamotaniny – Potter i Joe zażądali dodatkowej zapłaty, a usłyszawszy, że Robinson się nie zgadza, Joe dźgnął lekarza. Nóż włożył w rękę Pottera i uciekł. Tak samo postąpili chłopcy, którzy zwiali do pobliskiej garbarni. Tam obiecali sobie, że nie wyjawią nikomu tego, co widzieli tej nocy.
Następnego dnia całe miasteczko dowiedziało się o morderstwie lekarza. Głównym podejrzanym był właśnie Muff Potter, którego widziano, jak obmywał się nad rzeką. Jego winę potwierdził także Indianin Joe.
Wkrótce w zachowaniu Tomka zaszła dziwna zmiana – chłopiec stał się mniej żywy, apatyczny. Miały na to wpływ wydarzenia, których świadkiem był na cmentarzu (wciąż o nich myślał) oraz fakt, iż Becky przestała chodzić do szkoły. Któregoś dnia spostrzegł jednak, jak zmierzała do znienawidzonego przezeń miejsca. Ucieszył się i zaczął zwracać na siebie jej uwagę. Niestety nie przyniosło to efektu. Jasnowłosa dziewczyna szła przed siebie i nawet na niego nie spojrzała. Stan Tomka był tragiczny. Postanowił uciec z domu, by wieść życie pirata. Do pomysłu przekonał Joego Harpera oraz Hucka Finna.
Nocą chłopcy przedostali się na wyspę Jacksona, gdzie chcieli spędzić resztę życia. Wkrótce jednak zabawa w piratów okazała się nudna, a powrót do miasteczka stawał się coraz bardziej kuszący. Tomek zakradł się nawet pod dom, gdzie usłyszał, jak jego ciotka i matka Harpera opłakiwały chłopców będąc przekonane, że utonęli w rzece.
Kolejny dzień również obfitował w zabawę, lecz wieczorem Joe i Huck chcieli już wracać do domów. Tomek postanowił ich zatrzymać, zapoznając ich z planem, jaki przyszedł mu do głowy. Wszyscy przystali na jego propozycję. Nocą nadeszła burza, która dokonała wielkich zniszczeń w ich obozowisku.
Wkrótce mieszkańcy miasteczka zaczęli odczuwać brak chłopców. Jednego dnia po lekcjach zorganizowano spotkanie, na którym pojawiły się rodziny bohaterów, a pastor opowiadał o młodzieńcach tak pięknie, że wszyscy ich żałowali. Nagle drzwi do świątyni otworzyły się i stanęła w nich cała trójka.
Tomek przeprosił ciotkę za swoje zachowanie i żeby skłonić ją do przebaczenia mu zniknięcia, zaczął cytować jej słowa, które sama wypowiedziała (podsłuchał je). Powiedział jej, że miał proroczy sen i właśnie taką widział w nim ciotkę. Wkrótce młodzieniec zaczął być bohaterem w szkole.
Aby zemścić się na Becky, wiele czasu spędzał z Amy, co bardzo drażniło jasnowłosą dziewczynę. Niebawem i ona zaczęła odgrywać się na Tomku, zadając się z Alfredem, który jednak wkrótce domyślił się, że jej sympatia spowodowana była właśnie chęcią zemsty Tomku. W akcie odwetu wylał atrament na jego zadanie domowe. Tomek był już wtedy w domu (uciekł ze szkoły), więc o niczym nie wiedział.
Kolejnego dnia główny bohater spotkał Becky w drodze do szkoły. Chciał ją przeprosić, jednak ona zachowywała się chłodno i odeszła. Na lekcji dziewczyna wpadła jednak w kłopoty – kiedy nauczyciel opuścił salę, zostawiając kluczyk do szuflady, Becky chciała sprawdzić, jaką książkę tak często wertuje (była to „Anatomia”). Wtedy do klasy wszedł Tomek, a zdenerwowana dziewczyna zamknęła tom, niszcząc jedną z rycin. Nauczyciel wkrótce zorientował się, że ktoś uszkodził jego własność. Do winy przyznał się Tomek. Spojrzenie posłane mu przez Becky odrobinę osłodziło dotkliwą karę, jaką było lanie rózgą.
Niebawem nadeszły wakacje, które poprzedziły egzaminy. Chociaż Tomkowi nie poszło najlepiej (miał problemy z recytacją), wielką radość sprawiła mu „zemsta” na nauczycielu (do sufitu podwiązano kota, a zwierzę ściągnęło perukę pedagoga). Becky wyjechała, a miasteczko stało się senne i nudne. Wkrótce miał odbyć się proces Pottera, co nieco ożywiło Tomka. Chłopak wciąż go żałował, wiedząc o tym, że jest niewinny. Postanowił w końcu odwiedzić jego obrońcę i wyznać mu prawdę. Następnego dnia miał zeznawać w sądzie. Gdy mówił, Indianin Joe wybiegł z Sali. Pottera ostatecznie uniewinniono, a Tomek zyskał miano bohatera. Niestety, Indianina Joego nie odnaleziono.
Któregoś dnia Sawyera ogarnęło wielkie pragnienie odnalezienia skarbu. Do swojego pomysłu udało mu się przekonać Hucka Finna. Chłopcy zaopatrzyli się w niezbędny sprzęt i ruszyli w drogę. Najpierw udali się na wzgórze, później do nawiedzonego domu. W tym ostatnim podsłuchali dwóch mężczyzn, którzy planowali wykonać jakąś niebezpieczną robotę i uciec później do Teksasu. Jednym z nich był Indianin Joe. Chłopcy obserwowali ich ze strychu – mężczyźni wydobyli skarb i opuścili dom, zamierzając przenieść kosztowności pod krzyż.
Kolejnego dnia bohaterowie postanowili, że muszą odzyskać skarb. Dowiedzieli się, że w pobliskim zajeździe ktoś wynajął pokój, lecz rzadko go opuszczał. Zaczęli obserwować to miejsce. W końcu Tomek, zdobywszy klucze, otworzył pomieszczenie i zobaczył śpiącego Joego. Wybiegł więc i zaczął panicznie uciekać. Główny bohater udał się do domu, a Huck kontynuował szpiegowanie.
W piątek do miasteczka wróciła Becky. Tomek spędził z nią dużo czasu i wraz z innymi uczniami postanowili urządzenie pikniku, który miał odbyć się następnego dnia. Później wszyscy udali się na parostatek, a główny bohater zaproponował Becky, by nocowali u wdowy Douglas. Dziewczyna zgodziła się.
Finn wciąż obserwował Indianina i jego wspólnika. Gdy w środku nocy opuścili zajazd, podążał za nimi aż do domu wdowy Douglas. Wiedział, że kobiecie grozi niebezpieczeństwo, więc pobiegł do mieszkającego nieopodal Walijczyka i opowiedział mu o całej sytuacji. Mężczyzna z synami wyruszył na ratunek. Finn usłyszał strzały i przerażony uciekł. Nad ranem zapukał do drzwi Walijczyka, a ten powitał go radosny. Bandytom udało się uciec, ale policja byłą już na ich tropie. Pojawiła się wdowa Douglas i podziękowała mężczyźnie za ratunek. Odpowiedział, że podziękowania należą się komu innemu (lecz nie dodał, że Huckowi). Wkrótce Finn dostał wysokiej gorączki, a zaopiekowała się nim pani Douglas.
Niebawem okazało się, że Tomek i Becky nie powrócili z pikniku. W czasie zabawy wybrali się na spacer do pobliskich jaskini. Po odkryciu podziemnego jeziora zagubili się. Błądząc po kolejnych korytarzach, Tomek dostrzegł Indianina Joego, który jednak szybko uciekł. Para bohaterów powoli traciła wiarę w swoje ocalenie. Tomek często trzymał Becky za ręckę i obejmował ją, by dodać jej otuchy. Wkrótce dziewczyna zrobiła się senna i nie miała sił na dalszą drogę. Chłopak zostawił ją więc przy źródełku, a sam szukał wyjścia. W końcu się udało. Wrócił po Becky i oboje opuścili jaskinię. Niebawem mieszkańcy St. Petersburga usłyszeli dzwony i krzyki mówiące o tym, że Tomek i Becky się odnaleźli.
Po dwóch dniach odpoczynku Tomek postanowił odwiedzić Finna, lecz wdowa Douglas nie chciała, by ktokolwiek zakłócał spokój chorego. W drodze powrotnej do domu odwiedził Becky i dowiedział się, że jaskinie zostały zamknięte. Stwierdził, że najpewniej jest tam jeszcze Indianin Joe. Wkrótce znaleziono jego ciało.
Kilka dni później Tomek spotkał się z Huckiem. Chłopcy musieli jeszcze wydobyć skarb, o którym mówili bandyci. Udali się w stronę sieci jaskiń, gdzie skarb się znajdował. Przesypali monety do worków, z którymi udali się w stronę domu wdowy Douglas, chcąc zakopać swoje łupy. Kiedy jednak przechodzili koło domu Walijczyka, mężczyzna zaprosił ich, by poszli razem z nim do wdowy. Tam, mając za świadków kilka zebranych osób, opowiedział o tym, jak Huck przyczynił się do uratowania kobiety. Później wdowa stwierdziła, że chętnie zajmie się wychowaniem młodzieńca i da mu opiekę. Odezwał się jeszcze Tomek, który pokazał worek należący do Finna i oznajmił, że jest on teraz bogaty.
Wkrótce chłopcy zyskali wielką sławę, a ich opiekunki ulokowały pieniądze w bankach. Finnowi nowe życie nie przypadło jednak do gusty i po trzech tygodniach zniknął bez śladu. Odnalazł go dopiero Tomek – skłonił chłopca do powrotu, a w drodze snuli wizje swoich kolejnych przygód.