Księga I
Jurij Żywago ma 10 lat i nie może pogodzić się ze śmiercią matki. Ponieważ ojciec, który roztrwonił cały majątek, opuścił ich już dawno, chłopiec trafia pod opiekę wuja, brata matki, Mikołaja Wiedieniapina. Wuj zrezygnował ze święceń kapłańskich, jest jednak człowiekiem głęboko wierzącym. Jurij mimo upływu czasu bardzo tęskni za matką, któregoś razu wydaje mu się, że słyszy jej głos w śpiewie ptaków, modli się za jej zbawienie i płacze tak bardzo, że traci świadomość.
Gordon Osipowicz i jego syn Misza są świadkami, jak pijany człowiek wyskakuje z rozpędzonego pociągu i ginie na miejscu. Opowiadają potem, że był w ich przedziale i mówił, że ma syna w wieku Miszy.
Czasy są niespokojne. Trwa wojna z Japonią, a od wewnątrz targają Rosją różne zrywy rewolucyjne. W wozowni wybucha strajk. 17. listopada miała się odbyć wielka demonstracja i choć oficjalnie została odwołana, wiele osób zebrało się w umówionym miejscu i śpiewało „Marsyliankę” i „Warszawiankę”. Wśród zgromadzonych była też Marfa Gawrzyłowna z Patulą. Zgromadzenie zostało siłą rozpędzone przez dragonów.
Mikołaj Nikołajewicz przeniósł się do Moskwy, gdzie pracował jako wykładowca. Z okna swojego mieszkania patrzył na dragonów przepędzających demonstrantów i szukał wzrokiem Jury (Jurija), ale go nie znalazł. Jura mieszkał u państwa Gromieków, przyjaźnił się z ich córką Tonią i Miszą Gordonem.
W grudniu 1905 roku wybucha powstanie. Podczas koncertu prof. Aleksander Gromieko otrzymuje wiadomość, że w pensjonacie Czarnogóra umiera jego znajoma, udaje się tam z Jurą i Miszą. Okazuje się, że to Amalia, matka Lary, próbowała odebrać sobie życie. Wtedy Jura poznaje Larę, która robi na nim duże wrażenie.
Jurij studiuje medycynę, Misza filozofię, a Tonia Wyższe Kursy Żeńskie. Młodzi czytują książki Mikołaja Nikołajewicza, który pisze o chrześcijaństwie i sztuce. Matka Toni jest ciężko chora, stoi u progu śmierci, jej życzeniem jest, by córka poślubiła Jurija.
Tymczasem Lara kończy gimnazjum. Dziewczyna, która oddała się starszemu mężczyźnie, po półrocznym romansie czuje się nim zmęczona. Zerwała z Komarowskim i podjęła pracę guwernantki u Kołogriwowów. Laura pragnie rozpocząć nowe życie u boku Paszy Antipowa, potrzebuje jednak pieniędzy, chce je pożyczyć od dawnego kochanka, na wszelki wypadek bierze ze sobą broń. Nie zastaje go w domu, więc idzie na przyjęcie, gdzie powinna go spotkać. Dochodzi do jakiegoś nieporozumienia i Lara, która chce zabić Komarowskiego, przypadkiem strzela do niewinnej osoby. Na przyjęciu obecny są też Jurij i Tonia. Chłopak znów doznaje dziwnego uczucia widząc Larę. Po powrocie okazuje się, że matka Toni zmarła.
Skandal wokół morderstwa zostaje zatuszowany, Lara otrzymuje sporą sumę od Kołogriwowa i wychodzi za Paszę. Podczas nocy poślubnej wyjawia mu prawdę o swojej przeszłości, co jest dla niego strasznym szokiem. Po studiach oboje wyjeżdżają na Ural, gdzie dostają pracę.
Jurij poślubia Tonię, niedługo potem żona rodzi mu syna, ale doktor musi jechać na front, ponieważ trwa I wojna światowa i armia potrzebuje lekarzy.
Lara ma córkę Katię, pracuje jako nauczycielka i jest szczęśliwa. Jednak jej mąż był zmęczony stagnacją i wstąpił do wojska. Kiedy przestał przysyłać listy, postanowiła go szukać. Jako sanitariuszka przedostała się na front. Na front ruszył też Misza. Tu doszło do spotkania przyjaciół i szybkiego rozstania. Ranny Żywago trafił pod opiekę Lary. Między nimi rodzi się dziwna fascynacja. W Petersburgu wybucha rewolucja.
Po powrocie do Moskwy Jura nie potrafi odnaleźć się w nowej rzeczywistości. Źle czuje się nawet pośród rodziny i dawnych znajomych, nie jest akceptowany w szpitalu. Nad Moskwą wisi widmo głodu. Kiedy lekarz zachorował na tyfus, z pomocą przyszedł mu przyrodni brat, Jewgraf, którego wcześniej nie znał. Rodzina postanowiła wyjechać do Warykina, gdzie dziadek Toni miał ziemski majątek.
Księga II
Po długiej i męczącej podróży okazuje się, że majątek nie należy już do dziadka Toni, ale jego rządcy. Ten pozwala im zająć oficynę. W Juriatinie Jura znów spotyka Larę, a ich fascynacja się odradza. Dochodzi nawet do tego, że doktor przeprowadza się do Lary.
Kiedy już decyduje się z nią zerwać, męczony poczuciem winy wobec żony, zostaje schwytany przez bolszewików. Wzięty do niewoli wykonuje swoją pracę, ale czasem jest również zmuszony walczyć; siłą rzeczy wspomaga więc bolszewików. Po dwóch latach udaje mu się uciec. Żony nie ma już w Warykinie, jest za to Lara, która opiekuje się chorym po długiej ucieczce lekarzem.
Żywago chce dołączyć do rodziny w Moskwie, ale wtedy przychodzi list od Toni, w którym donosi mu, że wyjeżdża do Paryża, a więc nigdy się już nie spotkają. Wszystko mu wybacza i życzy, by ułożył sobie życie na nowo.
Lara, której, odkąd komuniści znów przejęli władzę, ze względu na męża grozi duże niebezpieczeństwo, decyduje się na podróż na Daleki Wschód, wierząc, że jedzie tam wraz z Jurijem. On jednak pozostaje, po długim czasie przychodzi do niego Pasza Antipow, spowiada się ze swego życia i popełnia samobójstwo.
Zniszczony, schorowany i pogrążony w marazmie Żywago przybywa do Moskwy i stara się o pozwolenie na wyjazd do Paryża. Nic jednak nie przynosi skutku. Przez przypadek spotyka Marinę, która go przygarnia i rodzi mu dwie córki. Doktor nie jest jednak szczęśliwy, nawet z dawnymi przyjaciółmi Miszą i Niką Dudrowem nie potrafi się porozumieć.
Któregoś dnia Jurij znika i prosi w liście, by go nie szukano. Z pomocą Jewgrafa zamieszkuje niedaleko swojej rodziny, ale całkiem sam. Oddaje się pracy pisarskiej, porządkuje swój dorobek. Umiera nagle na serce w drodze do szpitala, gdzie chciał podjąć pracę. Na pogrzebie obecna jest też Lara i Jewgraf.
Epilog
Wiele lat po śmierci doktora przyjaciele czytają jego wiersze, w których marzył o lepszej przyszłości, pełnej swobody i o uzdrowieniu ludzkich umysłów.